İlk, orta ve lise öğrenimini Uzunköprü’de tamamladıktan sonra 1979 yılında Almanya’ya giderek Alman Konrad Adenauer Vakfının verdiği “Zeki Talebeleri Destekleme Bursu” ile üniversite eğitimini Bonn Üniversitesi Uluslararası İlişkiler Bölümünde yaptı ve aynı bölümde doktorasını tamamladı. İngiltere, Belçika, ABD ve Avusturya’da araştırmalarda bulunan Bağcı’nın, beş kitabı ve uluslararası dergilerde sekiz dildeyayımlanmış 100’den fazla bilimsel makalesi vardır. 2004 yılında merkezi İsviçre Basel’de bulunan Avrupa Kültür Vakfının “Avrupa Bilim Ödülü”nü alan Bağcı, 2005 yılında ise 2004-2005 akademik yılı “ODTÜ Yılın Eğitimcisi Ödülü”ne layık görüldü. 2007 yılında Bonn Üniversitesi ile Roma La Sapienza Üniversitesinde, 2008 yılında da Polonya Lublin Üniversitesinde misafir öğretim üyesi olarak ders verdi. Hâlihazırda ODTÜ Uluslararası İlişkiler Bölümünde öğretim üyeliğine devam ediyor.